ร.ร.อนุบาลฝนทิพย์ ใช้หลักสูตรสถานศึกษาปฐมวัย พุทธศักราช 2550 เป็นการจัดประสบการณ์ความพร้อมทั้ง 4 ด้าน คือ

1. ด้านร่างกาย
2. ด้านอารมณ์ จิตใจ
3. ด้านสังคม
4. ด้านสติปัญญา

ซึ่งจำเป็นต้องเกิดความสอดคล้องกับการประเมินและบริบทของสังคม โรงเรียนได้พยายามจัดทำหลักสูตรให้ตรงตามการจัดระบบการศึกษาของโรงเรียนโดยมุ่งเน้นให้สนองตอบตามการเรียนรู้ และพัฒนาการตามที่หลักสูตรแกนกลางกำหนดทั้งนี้ด้วยความร่วมมือจากบุคคลากรทุกฝ่ายของโรงเรียน จึงจัดทำหลักสูตรสถานศึกษาสำเร็จได้ตามวัตถุประสงค์ที่ตั้งไว้